Witajcie !

Mam do Was pytanie czy ktoś ma jakieś doświadczenie w reakcjach Sonogashiry ? - wprowadzenia potrójnego wiązania do określonej cząsteczki z użyciem katalizatora palladowego.
Ja przeprowadzam reakcje z nukleozydami. Otóż moim substratami są odpowiednio 8-bromo-2'-deoksyguanozyna i 8-bromo-2'-deoksyadenozyna. Substraty nukleozydowe były liofilizowane z dioksanu i na dwa dni przed reakcją suszone pod próżnią pompy olejowej. Rozpuszczalniki takie jak trietyloamina i DMF są destylowane znad CaH2 przed nastawieniem reakcji, po czym odgazowywane przez 30 min przez przepuszczenie strumienia argonu (trietyloamina), DMF dodatkowo odgazowany pod próżnia pompki wodnej a potem argonem. I teraz rozpuszczam nukleozyd w tych rozpuszczalnikach i dodaje do nich katalizator palladowy - Pd(PPh3)4 i CuI. Po wymieszaniu wkraplam TMSA - trimetylosililoacetylen (uprzednio odgazowany). Reakcje prowadzę przez 2 h w 50oC pod argonem. Niestety nie udaje mi się otrzymać takiej wydajności jakie są przedstawione w publikacjach ok. 90%. Wiem jak są pisane publikację, lecz moja największa wydajność to 35 %. Może ktoś mi podpowie na co zwrócić uwagę , ewentualnie co źle robie

Z góry dziękuję

A jak wygląda katalizator? Najlepszy jakościowo jest jasnożółty, "zwietrzały" żółtopomarańczowy do pomarańczowobrązowego i zwykle działa gorzej.

Kilka couplingów robiłem, i osobiście nie zauważyłem żeby odgazowywanie miało jakiś pozytywny wpływ - przynajmniej z moimi substratami. Spróbuj może z innymi katalizatorami, i monitoruj TLC bo z tym czasem to nigdy nie wiadomo.

Moim zdaniem kluczowe jest tutaj Twoje stwierdzenie, że :"Rozpuszczalniki takie jak trietyloamina i DMF są destylowane znad CaH2 przed nastawieniem reakcji, po czym odgazowywane przez 30 min przez przepuszczenie strumienia argonu (trietyloamina), DMF dodatkowo odgazowany pod próżnia pompki wodnej a potem argonem."

Cyt. " The decomposition (of DMF) is catalysed by acidic or basic materials, so that even at room temperature DMF is appreciably decomposed if allowed to stand for several hours with solid KOH, NaOH or CaH2. If these reagents are used as dehydrating agents, therefore, they should not be refluxed with the DMF. Use of CaSO4, MgSO4, silica gel or Linde type 4A molecular sieves is preferable, followed by distillation under reduced pressure. This procedure is adequate for most laboratory purposes."
Źródło: Purification of Laboratory Chemicals, 6th Ed., Elsevier (2009), str.130

Przemyśl to jeszcze raz; najpierw destylujesz DMF znad CaH2, co samo w sobie nie jest dobrym rozwiązaniem (patrz wyżej), a później podłączasz go pod pompkę wodną (!) pozwalając na to, że to co zostanie z rozpuszczalnika łapie wody ile chce. Policz sobie jakie masz stężenie pary wodnej w tej temperaturze i pod tym ciśnieniem jakie daje pompka w gazie nad odwodnionym DMF-em, który przecież jest higroskopijny. Odgazować go pod próżnią pompy olejowej i później argonem - OK, ale nie pompką wodną! Druga sprawa to stan katalizatora, o czym pisał Karvon, a trzecia to CuI, który musi być świeży (biały ew. szarawy). Jeśli jest zielonkawy, to się utlenił i nadaje np. do utylizacji. Na mój gust 95% wina CaH2 lub/i pompki wodnej.

Dzięki za odpowiedzi.
Niestety nie jestem jeszcze biegłym w tego typu reakcjach, dopiero zaczynam. Co do pompki wodnej i CaH2 - tak się robiło poprzednio w laboratorium i mi przekazano abym tak postępował. Zwrócę na to uwagę oczywiście.
O ile dobrze wiem przy adenozynie nikt nie stosował w ogóle destylacji DMFu a reakcja i tak idzie z małymi wydajnościami.
Katalizator jest, a właściwe to był aktywny, bo się skończył. Teraz mam nowy świeżutki - prawie biały trzymany nad argonem.
Co do CuI na pewno jest ok.
Z 5-jodo-2'-deoksycytydyną nie ma takich problemów, reakcja zachodzi z wysoką wydajnością, gdy użyje się całkowicie brązowego katalizatora.
Być może słabe wydajności zalezą od szeregu aktywności substratów w tej reakcji I>OTf>Br>Cl raz na jakaś reakcję jest wysoka wydajność...