Napiszę coś na temat dwóch programów, których używam ( a tego pierwszego bardzo intensywnie )

1. ACD ChemSketch 5.0 Freeware - Ogólnie jest to program do rysowania wzorów chemicznych. Można go pobrać za darmo ze strony www.acdlabs.com
Można tym narysować praktycznie każdy wzór strukturalny, dodatkowo można obejrzeć model w trójwymiarze! Rysowanie nawet najbardziej skomplikowanych wzorów jest trywialne. Można je przyspieszyć używając gotowych fragmentów - np. pierścień benzenowy, grupa nitrowa, grupa tosylowa itp. Dodatkowo program ma wbudowane wiele funkcji takich jak określanie aromatyczności, generowanie nazw systematycznych, generowanie i odczytywanie zapisu SMILES, przewidywanie możliwych form tautomerycznych. Dla części związków można nawet obliczyć podstawowe wielkości fizyczne takie jak gęstość, współczynnik załamania światła, parachorę, masę średnią, nominalną itp.

2. UCSF Chimera - bardzo rozbudowany, darmowy program do modelowania 3D związków o bardzo dużych cząsteczkach. Można go zassać ze strony http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
Zintegrowany z bazą danych PDB - www.rcsb.org oraz dwoma innymi bazami w których dostępna jest za darmo masa plików zawierających zapis np. trójwymiarowych struktur białek. Niestety dopiero uczę się go używać Poniżej zrobiony za jego pomocą model botulinotoksyny (najsilniejszej trucizny znanej człowiekowi):



Jeśli ktoś zna jeszcze jakieś ciekawe program - niech o nich napisze.

ChemOffice - z jednej strony bardzo dobry edytor struktur, z drugiej bardzo rozbudowane narzedzie chemiczne. Gdy narysowna czaseczke w 2D wrzocimy do edytora 3D potrafi: ulozyc ja tak by miala jak najmniejsza energie, poliiczyc rozklad gestosci elektronowej na powierzchni czasteczki i wiele innych.
Program niestety nie jest free a kosztuje jedyne 2700 euro.
Dystrybucja: http://www.cambridgesoft.com

Pozdrawka
Tchemik

Chemsketch robi mniej więcej to samo tzn. jeśli odpowiednio dużo razy da mu się komendę "optimize for 3D" to układa cząsteczkę w konformacji o najniższej energii.

Używałem ChemSketcha, ale przy ChemOffice, to jest on jak program z podstawówki Niemniej faktycznie, cena ChemOffice jest zaporowa.
Poza tym, na modelu można np. pokazać powierzchnię kontaktu rozpuszczalnika z cząsteczką itp. Ma naprawdę DUŻO funkcji, m. in. już wspomniane optymalizacje (najniższa energia) i wiele, wiele innych.

Ja dorzuce do kolekcji jeszcze jeden programik. Jest on niemalze starszy odemnie, a od wiekszosci z was to juz napewno i nazywa sie ChemWin v.3.0.
Ogolnie nie ma on w sonie nic oprocz najzwyklejszego edytora struktur, ale jest jak dla mnie najlepszym programem w ktorym rysuje sie mechanizmy reakcji. Poslugiwanie sie strzalkami jest tak dopracowane ze mozna idealnie odwzorowac przejscia par elektronowych etc.

Pozdrawka
Tchemik

P.S. Chosen - masz racje jak sie porowna te programy to ChemOffice wali wszytskich na leb na szyje... jedynie ta cena...

Hehe istnieje też komercyjna wersja Chemsketcha która kosztuje masakryczne pieniądze, ale za to ma wiele dodatkowych funkcji np. gigantyczny słownik nazw zwyczajowych

Możliwe. Ja stawiam na ChemOffice Numer 1

Zobaczyłem screeny i faktycznie... no ale ACD też ma podobne aplikacje np. do wyliczania pKa dla narysowanych związków, przewidywania widma P, H, S i O NMR, przewidywania temp wrzenia, czasów schodzenia z kolumny itp. tylko wszystkie zdaje się trzeba oddzielnie kupować... I kosztuje to pewnie więcej od ChemOffica. Ale jest potężne
Niestety jest to na tyle specjalistyczne oprogramowanie że nikt nawet pirata nie zrobił :/

ChemSketch FW nadal ma jedną niezaprzeczalną zaletę: jest darmowy.

ChemOffice rządzi:
W programie Chem3D (znajduje się w ChemOffice) są zawarte narzędzia do modelowania molekularnego (metody mechaniki molekularnej i obliczenia semi-empiryczne) Gamess (program dostępny za darmo) i Gaussian Client - do obliczeń ab initio oraz DFT.
Program ChemDraw pozwala m. in. przewidywać widma 1H i 13C NMR oraz widma masowe, rozróżniać konfiguracje R i S izomerów optyczne, rysować związki koordynacyjne (np. kompleksy typu sandwich z ligandami aromatycznymi) itd.

Ponadto polecam programy Spartan oraz HyperChem (te już tylko do rysowania struktur 3D) - ten drugi posiada plug-in do programu PovRay, który umożliwia wysokiej jakości rendering narysowanych cząsteczek.

Chimera naprawde swietny program , co do ChemOffice ma srednie narzedzia w porownaniu z ACD w pelnej wersji chodzby przez H1 NMR (rewelacyjny jak dla mnie).ChemOffice jest raczej stworzony do pisania publikacji . Pozatym polecam PyMOL (wizualizacja 3D) i do krystalografi shape , Hg , diamond (ponoc najlepsze).

MDL ISIS Draw 2.5 - takie tam, do rysowania, ale za darmo;)

Bardzo dobry program pod jave Marvin http://www.chemaxon.com/products.html , dziala pod kazdym OS( Linux MacOSX ... ) . Rowniez polecam UCSF Chimera jak tweenk , bardzo duze mozliwosci 3D , niesamowita wrecz jakosc grafiki openGL , bardzo dobry do prezentacji 3D kazdego rodzaju zwiazkow chemicznych (niestety kwanto-mechaniczne minimalizacje energi struktur nalezy wykonac innym pogramem i wynik wyeksportowac najlepiej w .pdb ) ...

Poniżej kilka obrazków orbitali HOMO, LUMO i zdelokalizowanego cząsteczki benzenu. Wymodelowałem je przy pomocy programów Gaussian03 oraz GaussView03, semi-empiryczną metodą PM3:

Zdelokalizowany:


Zdelokalizowany przecięty płaszczyzną XY:


HOMO:


HOMO przecięty płaszczyzną XY:


LUMO:


LUMO przecięty płaszczyzną XY:

A tutaj symulacja widma 13C NMR etanolu metodą B3LYP, nawet dość zgodna z rzeczywistością.

Majac widmo oryginalne C13 NMR i porownujac z widmem z ACD C13 NMR blad wystepowal dopiero na 2 miejscu po przecinku , albo byly identyczne wartosci ... naprawde rzadko sie ten program myli z rzeczywistoacia . Z 2 strony fizykochemiczne metody obliczeniowe przesuniec C13 NMR bardzo dobrze odzwierciedlaja oryginalne widma , w zwiazku z tym wiele programow dobrze interpretuje ten dzial spektroskopi NMR ...

Dzieje się tak dlatego że program ten korzysta z bazy danych opartej na gotowych, zmierzonych, widmach. W związku z tym, gdy szukamy widma jakiegoś związku zbliżonego budową do tych w bazie danych, to otrzymujemy wynik z dużą dokładnością.
Programy do modelowania molekularnego, nie korzystają z baz danych, tylko obliczają one widmo, niejako od początku (łac. ab initio), wychodząc z prostych funkcji falowych. Przydatność takiego oprogramowania ujawnia się wtedy gdy chcemy policzyć np. stałe sprzężenia, czy wpływ rozpuszczalnika na przesunięcia chemiczne, itp. Wadą ich jest jednak duży koszt obliczeń, w przypadku większych cząsteczek.

no to ja tez się dorzucę.....
Isis Draw był pierwszym programem tego typu jaki poznałam kilka lat temu....potem odkryłam również ChemSketch. A jakiś czas temu natknełam się na różnego rodzaju dodatki do tego oprogramowania, które można zassać ze stronki http://www.acdlabs.com/products/ . Wiem, że to nie jest zapewne to co te wasze programy, które wymieniacie, bo nie znam ich, ale to zawsze coś. Chętnie bym się przekonała o możliwościach ChemOffice, jednak cena....hmm...zostawię bez komentarza.

Cóż cena ChemSketcha w pełnej wersji jest jeszcze bardziej zaporowa...

A kto powiedział że trzeba te programy od razu kupować...

A tak apropos chemsketch'a to właśnie przeglądnąłem informacje o komercyjnej wersji i nie znalazłem tam niczego czego nie miałby ChemOffice. Poza tym ChemOffice jest standardem jeżeli chodzi o pisanie publikacji do porządnych czasopism.

ACD (producent ChemSketch'a) mają za to niezły program do przewidywania widm 2D NMR.

no niby nie trzeba.....ale dochodzę do wniosku....czytając wasze posty...że ChemSketch z dodatkami z www jest wystarczający..


pomyśmy....kto z nas pisze takie publikacje....to raczej wyższy stopień wtajemniczenia.....na razie...jestem na etapie króciótkich publikacji.....bez efektów specjalnych

Właśnie dlatego że ChemOffice jest monopolistą to daje takie idiotyczne ceny... Ja to bojkotuję, używam tylko ChemFindera do przeglądania Merck Indexu bo jest to fajna baza danych (choć dość mała) a nie można jej obejrzeć w inny sposób.

Moim pierwszym programem do rysowania struktur chemicznych był ISIS Draw... ) i bardzo mi się on nadal podoba. Fajny darmowy programik i do tego z jasno opisaną instrukcją w pdf.

Dostępny na stronie....
http://www.chemia.px.pl w dziale oprogramowanie.

potrzebuję jeszcze na dzisiaj Waszych rad, bo jest szansa, że ktoś będzie mi mógł postawić oprogramowanie chemiczno-matematyczno-fizyczne. macie jakieś konkrety? proszę o nazwy i z góry dziękuję (cena do 3000zł) błagam...

Ale co cię konkretnie interesuje: rysowanie samych wzorów i tworzenie publikacji, modelowanie molekularne ale muszę cię rozczarować za 3000 zł nie nakupujesz za wiele (ChemOffice Pro 2005 http://sales.makolab.pl/P_naukowe/cambridge.html), o ile koniecznie chcesz mieć legalną wersję

Szczególnie softu do modelowania molekularnego. W takich wypadkach 3000 zł to nieco mało. Ale zawsze można coś wybrać. NVX ma rację, sprecyzuj.